Myš kilikijská žije na vyprahlých místech pobřeží se sporou vegetací, porostech macchie a v řídkých opadavých lesích. Za potravou vychází až po soumraku, kdy jsou nižší teploty. V dnešní době obývá velice omezené území na jižním pobřeží Turecka v provincii Mersin o délce přibližně 20 km a šířce pouhých několika málo kilometrů. V lidské péči může žít i déle než 4 roky. Myš kilikijská patří mezi nejvzácnější hlodavce světa - ve volné přírodě se vyskytuje jen asi 500-1500 jedinců.