Je-li průjem vodnatý, je velká pravděpodobnost, že jde o důsledek dietní chyby či zkaženého jídla. V první řadě musíme takový průjem zastavit, morče stejně jako člověk reaguje na trochu smecty či podobného přípravku rozmíchaného ve vodě. Pomáhají borůvky či borůvkové listy, kopr, navíc existují specializované preparáty. Důležitá jsou probiotika a snaha zabránit dehydrataci. Jinak by léčení nemělo být obtížné.

To v případě zeleného, pastovitého průjmu hrozí, že máme co dělat s bakteriální infekcí. Při takové infekci trus pronikavě páchne, morče může být zároveň nafouklé a přitom ztrácet na váze. Bakteriální infekce je vážnější záležitost a po první pomoci, která je obdobná výše řečenému, bychom měli vyhledat veterináře. Způsobit ji může široká škála bakterií, které se dostaly do organismu například s potravou. Neměli bychom také zapomínat, že celá řada těchto bakterií je přenosná na člověka. Veterinář po rozboru trusu obvykle nasadí vhodná antibiotika.

Zažívací systém morčátek ale mohou napadnout i parazité. Často se objevuje giardóza, což je nemoc způsobená parazitickým prvokem giardia lamblia – lamblie střevní. Lamblie napadá celou škálu organismů, včetně člověka, a patří mezi nejběžnější parazitická onemocnění. Bohužel, u morčat může mít poměrně dramatický průběh, kdy jejich průjem je mazlavý a promíchaný s hleny. Parazit omezuje vstřebávání živin a zvíře rychle chřadne. Hůře se odhaluje, protože ne v každém vzorku trusu musí být přítomné cysty parazita. Na onemocnění existují léky, je ale důležité vědět, že se velmi snadno šíří a tak je potřeba přeléčit všechna zvířata v chovu a dezinfikovat celou klec.

Z častějších parazitických onemocnění se pak poslední dobou objevuje ještě kokcidióza. Paraziti kokcidie napadají buňky střevních stěn a způsobují odporně páchnoucí, krvavý průjem. Morče výrazně hubne a získává kostnaté vzezření. Veterináři pomohou s volbou vhodného léku, opět je potřeba důkladně dezinfikovat výběh.

Samozřejmě, tím není škála možných zažívacích nemocí zdaleka vyčerpána. Mohou se objevovat vzácnější paraziti, žaludeční vředy, cysty a nádory střev. Pro začátek ale obecně platí: sledujme dobře nejen chování a vzezření morčete, ale i jeho přijímání potravy a vylučování. Pravidelně a často čištěná klec by nás měla upozornit, že je něco v nepořádku. Morčátka, s veškerou svou křehkostí, si tuto naši pozornost zaslouží.