Zmínky o krátkonohohých kočkách se vinou napříč 20. stoletím. Ve 40. letech veterináři zaznamenali několik generací zdravých krátkonohých koček ve Velké Británii, ještě za války však vymizely. Později se objevily například v Rusku.

Historie současných munchkinů nicméně začala počátkem 80. let v Louisianě. Učitelka Sandra Hochenedelová tehdy zachránila dvě březí krátkonohé kočky, které napadl buldok.

Jednu kočku si nechala a pojmenovala ji Blackberry. Když Blackberry porodila, byla polovina koťat krátkonohá a jeden takový kocourek putoval k Sandřině přítelkyni a dostal jméno Toulouse. V okolí oplodnil řadu koček a krátkonohých koťat tak přibylo.

Plemeno postupně získalo na popularitě, svou první velkou mediální premiéru pak tyto kočky zažily počátkem 90. let. O něco později je, navzdory obavám kritiků, že munchkini budou trpět problémy s kyčlemi a páteři jako někteří jezevčíci, uznala TICA novým plemenem. Plné uznání od této mezinárodní organizace chovatelů koček však přišlo až v roce 2003.

Jinak munchkiny vzaly na milost ještě některé menší organizace v Americe, Austrálii či Jižní Africe, například největší evropskou společnost chovatelů koček FIFe však dosud neobměkčili.

Ačkoliv krátké nohy nejsou přímou deformací kostí, někteří odpůrci munchkinů jejich fanouškům vyčítají, že je toto plemeno založeno na abnormální stavbě těla. Munchkini jsou tedy pro někoho miláčci a jiní je vidí jako tuze kontroverzní stvoření.

Gen pro krátkonohost je autozomálně dominantní. Všichni přeživší munchkini jsou heterozygotní, tedy s jednou kopií tohoto genu.

Homozygoti se totiž přestávají vyvíjet už v děloze březí kočky. Spáří-li se heterozygotní munchkin s běžnou kočkou, bude polovina koťat krátkonohá a polovina takzvaně normální.

V případě dvou heterozygotních munchkinů 1/4 embryí zanikne. Krátké nohy budou mít 2/3 narozených  potomků.

Co se povahy týče jsou munchkini, kteří se vyskytují v krátkosrsté i dlouhosrsté variantě, společenští, inteligentní, hraví a pohybliví. Mezi jejich klady bezesporu patří i to, že se v pohodě snesou s dalšími zvířecími obyvateli domácnosti, včetně psů.

Zbarvení je povoleno jakékoliv, zadní nohy mají trochu delší než přední, tlapky mírně vytočené ven. U munchkinů byl zaznamenán vyšší výskyt lordózy a vpadlého hrudníku, milovníci těchto koček však upozorňují, že tyto trable trápí i zástupce jiných kočičích plemen.